서울 금천구 테크노밸리에 위치한 핸드폰 케이스 제조업체 (주)ㅇㅇㅇㅇ 법인은 부품 신소재 개발과 신기술 공법 적용에 따른 신제품 출시로 인해 재작년부터 매출이 급상승하면서 법인세 등 기업이 부담해야 되는 각종 세금문제와 지속적인 기술개발 투자비 산정문제로 골머리를 앓고 있다.
그러던 중 중소기업에 대한 기업부설연구소 설립 지원정책을 통해 이러한 문제를 일부나마 해결할 수 있다는 소식을 전해 들었으나, 기업부설연구소를 설립해야 할지? 말아야 할지? 고민 중에 있다.
 우선, 지금 기업부설연구소를 설립하면 연간 연구개발비 25%를 세액공제 감면 혜택을 받을 수 있고, 정책자금 지원, 국가 연구개발 사업 지원 등도 추가로 받을 수 있다. 현재 상기 기업이 기업부설연구소나 연구개발 전담부서를 설립한다면 내년 결산 시 현재 연구개발 인원에 대한 인력비 및 기술개발 자금에 대해 세액 공제를 적용받아 최소 연간 3,000만원의 법인세액 추가공제를 받을 것으로 예상된다. 더불어, 아래와 같은 추가적인 혜택도 받을 수 있게 된다.

사단법인 한국산업기술진흥협회(www.koita.or.kr)에서 수행하는 기업부설연구소 설립 절차와 혜택에 대해 간단히 알아보기로 하겠다.

제도취지
과학기술분야 또는 지식기반서비스분야의 연구개발 활동을 촉진하기 위하여 일정요건을 갖춘 기업부설연구소와 연구개발 전담부서를 신고하도록 하고 인정된 연구소 및 전담부서에 대해서는 조세, 자금, 인력 등의 지원혜택을 부여한다.
-신고주체
 기업부설연구소 또는 연구개발 전담부서를 신고하고자 하는 기업(개인기업 포함)
-신고절차
 신고요건을 갖춘 상태에서 온라인(www.rnd.or,kr)상에서 접수​
-인정요건

 1) 인적요건 : 연구전담요원수와 연구전담요원 자격요건을 충족해야 함​
- 벤처기업/연구원창업 중소기업 : 연구전담요원 2명 이상   
  (단, 개업일로부터 5년 이내에 한함) 
- 소기업 : 연구전담요원 3명 이상   
  (단, 창업일로부터 3년까지는 2명 이상)​
- 연구개발전담부서 : 연구전담요원 1명 이상   
  (기업규모에 관계없이 동등 적용)

 2) 물적요건 : 연구개발 활동을 수행해 나가는데 있어서 필수적인 독립된 공간과 연구시설을 보유하고 있을 것.

설립혜택
1) 각종 조세지원 혜택  
-연구 및 인력개발비 세액공제
-각 과세연도 연구 및 인력개발비의 25%  
-연구 및 인력개발 설비투자 세액공제-투자 상당액의 10%를 법인세에서 공제 
-취, 등록세 및 재산세 면제-기업부설연구소용 취득부동산 면세 
-지방세 면제제도-기업부설연구소 용도로 쓰이는 부동산 
-연구전담요원 소득세 비과세제도-연구전담요원의 연구 활동비 중 20만원(월) 한도

2) 인력지원-미취업 고급 연구인력 채용기업에 최대 3년 지원, 병역특례제도 인정
3) 관세지원-산업기술 연구개발용품에 대한 관세감면 지원
4) 연구개발 지원 자금 & R&D 자금지원도 가능

하지만, 이러한 지원 혜택에도 불구하고 이를 검토하던 (주)ㅇㅇㅇㅇ 대표이사는 설립을 고민하고 있다. 이유는 의외로 단순했다. 해당 법인의 기장을 맞고 있는 세무사가 세액공제로 인한 법인세 절세 시 이로 인한 세무조사 대상으로 선정될 수 있다는 부정적인 의견 때문이었다.
물론, 필자도 모든 현상에는 동전의 앞, 뒷면처럼 일장일단이 있기 때문에 100%의 정답은 없다고 생각한다. 또한, 단순히 세액공제를 통해 법인세 절세만을 위해 형식적으로 기업부설연구소를 설립하고 운영하는 것은 다분히 문제의 소지가 있다고 본다.
하지만, 기업부설연구소 설립취지를 보자.
대기업에 비해 물적, 인적, 자본적 요건이 부족한 중소기업의 기술 경쟁력 강화를 위한 육성 지원정책으로 기업부설연구소 설립을 독려, 지원하고 있다.
상기 기업의 경우, 기존에도 인적, 물적 요건을 구성하고 연구개발 활동을 통한 부품 신소재 개발 및 신공법 개발을 위한 투자를 지속적으로 펼치고 있었으나 이에 대한 지원 혜택은 전혀 받지 못하고 있는 실정이었다. 또한, 앞으로도 기술 경쟁력 확보와 차별화된 제품 개발을 위해 지속적으로 투자를 계획을 하고 있다.

100% 정답은 없다. 하지만, 이 순간 문득 떠오르는 말이 있다. ‘중소기업 기업부설연구소 설립-구더기 무서워 장 못 담글까?’
대내외 어려운 경제 여건과 치열한 생존경쟁 속에 우리 중소기업의 여건과 실정에 맞는 현명한 해답을 찾아나가시길 바란다.

JNP글로벌 박지환 대표

중소기업중앙회 경영상담사
코리아노믹스 자문위원
스마트뱅크 법인전문 자문위원